Como resultado del aumento de población y con el fin de evitar que los feligreses tuvieran que ir a escuchar misa hasta la Iglesia de San Francisco, en 1560 se levantó en el corazón de la villa una sencilla capilla abierta, construida a base de palos y palmas, la cual fue llamada Jesús Nazareno. Posteriormente ésta funcionó como presbiterio, en bóveda de piedra y la nave con palmas; el primero fue conservado, y la segunda se sustituyó por una construcción de mampostería dividida por arcos y techada con vigas de madera.

La iglesia del Jesús, ofrecía servicios religiosos a españoles, mestizos y negros desde la segunda mitad del siglo XVII. En 1705 esta parroquia pasó a ser sede vicaria in Cápite, sustituyendo a la hoy catedral de Campeche. Para entonces, esta iglesia era parroquia de pardos y negros.

En 1685, los piratas Laurent Graff y Gramont asolaron la villa, llevándose consigo todas las joyas, pinturas, esculturas e imágenes con que contaba la iglesia, además de haber destruido los altares y el archivo parroquial. Hacia 1901, el entonces administrador de la diócesis Valerio Couto, realizó la construcción de la Capilla del Santísimo Sacramento, donde colocó la imagen de la Santísima Trinidad, y restauró los altares.

Recorrido turístico

La parroquia es una construcción austera, característica de los franciscanos. Sus muros de gruesa mampostería están reforzados por grandes contrafuertes que rematan en almenas, las más pequeñas fueron construidas en el siglo XVI y las mas altas y puntiagudas en el siglo XVII, dándole el aspecto de una pequeña fortaleza. Su fachada principal no tiene más decoración que la espadaña debajo de la que localizan la ventana del coro -modificada probablemente en el siglo XIX con la construcción de la ménsula con detalles neoclásicos-, y el acceso principal con un arco de medio punto.

El edificio consta de una sola nave dividida en cinco tramos por medio de pilastras con capitel y arcos que soportan los empujes del techo. En su interior el presbiterio está techado con bóveda de cañón corrido y el resto de la nave con un entramado de vigas de madera.

El presbiterio se encuentra separado del resto de la nave por una serie de escalones, en su interior se encuentra el altar mayor en el que se aprecia un sencillo ciprés de madera estilo neoclásico -probablemente del siglo XIX-, género que se introduce a México durante el virreinato. A su lado se encuentra la capilla del Santísimo Sacramento, que alberga un retablo del mismo estilo. La nave cuenta con dos altares, uno fechado en 1901 y el otro, dedicado a la Santísima Trinidad, en 1902, ambos también de estilo neoclásico. Sobre el lado sur del templo se ubica el confesionario y el púlpito.

Existen tres retablos, dos de estilo barroco, de los cuales uno es característico del estilo salomónico, llamado así por el contorneado del fuste de sus columnas, y el tercero, sin un estilo definido, fechado en 1786. La iglesia posee lámparas de cristal, piso de mármol y un cuadro donde se representa la Trinidad y al arcángel San Gabriel en el purgatorio, fechado en junio de 1659. Toda la construcción esta rodeada de un atrio enverjado, que aumenta aún más su aspecto de fortaleza.