En 1640 el capitán Don Antonio Maldonado gestionó ante el obispo de Yucatán, la petición hecha por carpinteros y calafates de San Román para la fundación de una cofradía dedicada a su santo patrono, San José.

El 5 de Enero de 1649 el obispo interino de Yucatán, Don Juan Muñoz de Molina, decreto las constituciones para erigir y aprobar la solicitada cofradía de San José, las cuales fueron aprobadas el 16 de Septiembre del mismo año por el obispo tutelar doctor don Marcos de Torres y Rueda, quien ocupaba por aquella época el virreinato de la Nueva España.

El templo fue construido posiblemente en la segunda mitad del siglo XVII, gracias a las limosnas aportadas por los gremios de calafates y carpinteros de ribera y a la donación hecha de Doña María Ugarte.

Por cédula real de 30 de diciembre de 1714, se dispuso que tres religiosos de la orden de Jesús provenientes del Colegio de Mérida se trasladasen a esta ciudad ha hacerse cargo de un colegio que se fundaría con bienes y capitales donados por los vecinos de la villa. Entre los bienes que se designaron para dicho colegio se encontraban la pequeña iglesia de San José y los terrenos contiguos.

En 1735 los religiosos derribaron la primitiva iglesia, por ser pequeña e inadecuada al nuevo fin que perseguían e iniciaron los trabajos de construcción de una nueva en el mismo lugar. La iglesia y colegio de San José abrió sus puertas el 4 de noviembre de 1756, la institución funcionó hasta 1767 debido a un decreto emitido por Carlos III, Rey de España, en el que ordenaba la expulsión de la Compañía de Jesús de todos los territorios españoles; hasta esta fecha, lo único que faltaba por concluir era la cúpula, la cual fue terminada posteriormente por los franciscanos quienes se establecieron en él en 1799. Para tal efecto, en 1808 se contrata a Santiago Castells, apodado Roche, para que terminase la obra.

En 1914 la jefatura de armas redujo a prisión a todos los sacerdotes de la ciudad de Campeche, clausurando todos los templos, por lo que el entonces gobernador del Estado Joaquín Mucel, le entregó la iglesia al rector del Instituto Campechano don Eulogio Perera para que funcionase como biblioteca. El Templo de San José fue completamente desocupado, trasladándose sus cuadros, imágenes, esculturas y ornamentos a la Iglesia Catedral; este movimiento propició que se perdieran muchas obras de arte, tanto en los altares como en las lápidas de mármol que cubrían sus paredes. Hasta principios del siglo XX, la iglesia conservó su atrio el cual fue destruido más adelante.

En 1924, el general José Vallejo la devolvió al culto y volvieron a subir a la torre oriental la campana mayor y dos más pequeñas que habían sido bajadas y se encontraban en la sacristía. En el año de 1934, fue retirado del culto nuevamente por decreto presidencial, convirtiéndose tiempo después en bodega de del Banco de Crédito Ejidal, quedándose en el más completo abandono. Finalmente en 1941, por gestiones del club Ah Kin Pech y el gobernador Héctor Pérez Martínez, el templo pasa a formar parte del Estado, fundadose en el inmueble el Museo Arqueológico, Etnográfico e Histórico de Campeche. Hoy este espacio es destinado a exposiciones temporales.

Recorrido turístico

El Templo es de una sola nave en forma de cruz latina con techo de bóveda de cañón, donde sobresalen dos elementos muy importantes: la portada y su cúpula. Su única torre es cuadrada de 2 cuerpos de muros lisos separados por una cornisa pequeña y simple. Al lado opuesto de la torre, en el costado derecho de la fachada, se construyó una torrecilla para instalar el Faro de la ciudad.

La fachada de San José está formada por tres cuerpos superpuestos. El primero lo ocupa una amplia puerta con cerramiento pentagonal y marco hecho a base de piedra cantera, enmarcada con pares de columnas con pedestal, de base átrica, fuste estriado y capitel dórico. Sobre ellas separando este cuerpo, hay un entablamiento del mismo orden arquitectónico de las columnas y en el eje de este, cortando el arquitrabe y friso un medallón con escudo ya borrado; en el segundo cuerpo se aprecia un friso, un medallón con escudo ya borrado, dos columnas de cada lado y un ojo de buey de forma octagonal en el que hay una pequeña escultura del Santo Patrono. El tercer cuerpo remata en torrecillas escalonadas. Toda la portada está decorada con azulejos, formando varios diseños, en conjunto, la fachada presenta un estilo plateresco y guarda reminiscencias hipano-árabes.